Subnautica to gra typu survival sandbox, w ktorej fabula nie jest zbytnio obszerna, lecz jest ciekawa. Zaczynamy gre jako rozbitek ze statku Aurora, na planecie 4546B, która jest planeta oceaniczna. Naszym celem jest przetrwanie i ucieczka z planety za pomoca rakiety, ktora mozemy skonstruowac. Do tego jednak potrzebne jest wybranie sie na wrak Aurory i ominiecie niebezpiecznych lewiatanow